住宅金融支援機構は、平成17( 2005）年度から金利の中に保証料相当分が含まれるようになったので、別途保証料を負担する必要はなくなりました。
フラット35は当初から保証人を立てる必要がなく、保証料も無料ですというものでした。
フラット35の仕組みは、公庫が民間ローンを買い取ってまとまった単位でMBS （住宅ローン担保証券）として機関投資家に転売するようになっており、ローン利用者が返済できなくなるといった貸し倒れリスクは機関投資家が負うようになっているためです。また、繰上げ返済されるリスクも機関投資家が負う仕組みなので、利用者にとって有利なことに、繰上げ返済の手数料も無料になっています。

フラット35金利の決まり方も独特で、機関投資家が買うMBSの金利に住宅金融支援機構の取り分（サービシングフィー）と取扱金融機関の取り分( ＝儲け）を上乗せしたものになります。
フラット35の金利は低くなってきています。最近では、公庫が自分の取り分を低く抑えて公庫融資の基準金利より低い金利水準となっています。

2006年5月実行分の金利では、日本住宅ローンが2.87％の最低金利を提示しています。仮に1000万円を30年返済で借りたとすると、総返済額は約1,493万円です。

一方、公庫の基準金利（3.71%）で計算すると、総返済額は約1,659万円となります。
日本住宅ローン株のフラット35は、融資額の2.1％に相当する事務手数料がかかるので、実質金利は3.03秘程度になりますが、その点を考慮しても総返済額は1割ほど違ってきます。

フラット35を同じ程度の条件で取り扱っているところも多いため、長期固定かつ低金利の住宅ローンとして
フラット35への注目度はますます高まっていくでしょう。