フラット35の最大の特徴は、「どこで借りるかで金利が異なる」という点です。
金利が低いフラット35の場合は、おおむね「融資金額×2.1％」等の融資手数料が別途必要となっていますが、この手数料はどの程度の金利差に相当するのでしようか？

フラット35金利は各社により異なります。ここで注意したいの見た目の金利だけでフラット35を選ばないことです。
フラット35金利が低い場合は、手数料が高めに設定されているケースが多く、逆にフラット35金利が高い場合は手数料は低めに設定されているケースがほとんどです。　金利で選ぶのではなく、トータル面で比較検討する事が重要です。

人気のフラット35としてはSBIモーゲージや楽天モーゲージがあります。
どちらもフラット35金利は同じですが、融資手数料は楽天モーゲージの方が安く設定されています。楽天モーゲージではそのため総支払い金額が安くなるというメリットがあります。
SBIモーゲージでは楽天と比べ融資手数料は少しアップしますが、そのかわり8大疾病保障など保障面が魅力です。

このように同じフラット35金利でも金利以外に各社の特色があることを忘れないようにしましょう！

フラット35では、公庫が発行したMBS （住宅ローン債権を担保にした債券）の金利に、公庫の手数料（通常は0.8%）をプラスし、さらに当初貸出しを行うローン会社が手数料を上乗せして、ローン金利が決まります。
金利は、全期問の固定金利と段階金利（当初10年間は低くして11年目以降金利が高くなるのが一般的）のいずれかですが、どちらかを採用するかはローン会社次第です。

フラット35をノンバンク系や銀行等で扱う場合では、金利水準が低い代わりに、借入時の融資手数料が高い場合があります。
フラット35を最も低い金利水準でを提供しているSBI モーゲージを初めとして、おおむね「融資金額×21 ％」の融資手数料を取っています。中には、さらにローンの事務手数料として、3万1500円などを取るところもあります。

フラット35を単純に金利が低い順番で選ぶのは、あまり賢い方法とは言えないでしょう。手数料等も合めた「実質金利」で比較する必要があるのです。

手数料が2.1％のローンの場合は、「20年返済なら＋0.2％」、「30年返済なら＋0.15％」を適用金利に足して手数料の安いフラット35の金利と比較してみましょう。結論としては、手数料は高くても、金利の低いほうが基本的には有利だと考えてよさそうです。

そうなると、フラット35が「金利が低くて手数料も安い」ということになりますが、適用金利は毎月変わりますし、手数料もキャンペーンなどでディスカウントすることがあります。
フラット35のNO.1はここだ！というように決めつけるわけにはいかないでしょう。